home *** CD-ROM | disk | FTP | other *** search
/ Precision Software Appli…tions Silver Collection 1 / Precision Software Applications Silver Collection Volume One (PSM) (1993).iso / tutor / arcuspro.exe / ARCUS.DOC < prev    next >
Text File  |  1990-10-30  |  12KB  |  326 lines
  1.     INTRODUCTION
  2.     ~~~~~~~~~~~~
  3.     Arcus is a general statistical analysis package which has been
  4.     developed with the needs of medicine, biomedical and social
  5.     sciences in mind.  It has also proved popular with education and
  6.     the many branches of commerce which need to investigate patterns
  7.     in human populations.  The Arcus project was started because the
  8.     aims listed below were not met by any other program for the PC,
  9.     this remains true.
  10.  
  11.     1.  A collection of the most commonly used statistical
  12.         procedures using sound modern methodology to achieve
  13.         accuracy and to avoid the compromise of approximation where
  14.         possible.
  15.  
  16.     2.  A user friendly approach which is intuitive and requires
  17.         little reference printed literature.
  18.  
  19.     3.  A detailed coverage of the statistical procedures which are
  20.         done badly or not at all by the well known commercial
  21.         packages.
  22.  
  23.     4.  A toolbox of basic statistical procedures such as
  24.         distribution functions which can be useful in research
  25.         but are seldom found in an easily accessible form in the
  26.         commercial packages.  You can replace your tables with Arcus.
  27.  
  28.     5.  A project which does not depend upon financial success for
  29.         its future development.  This project is to be supported
  30.         indefinitely.
  31.  
  32.  
  33.     INTERACTING WITH ARCUS
  34.     ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  35.  
  36.     The Arcus user interface consists of plain key icons which can
  37.     be selected by moving the highlighted centre using the cursor
  38.     keys and then pressing the enter key to select the highlighted
  39.     key icon.  Alternatively the key represented by the icon may be
  40.     pressed.  To avoid conflicts with non-standard hardware, Arcus
  41.     does not use graphics based windows or a mouse.
  42.  
  43.     The menus are a branch system in which the escape key will move
  44.     you backward to the major titles.
  45.  
  46.     Flashing messages inform you that the computer is occupied with
  47.     a task and you should wait accordingly.  If a process seems to
  48.     be taking a long time please be patient, the programs are highly
  49.     unlikely to crash.
  50.  
  51.     Results from Arcus are displayed one screen at a time and you
  52.     can obtain a printed copy of results by pressing the print screen
  53.     key. Firstly, make sure that your printer is properly set up.
  54.  
  55.     The graphics provided within Arcus are for instant visual
  56.     analysis only.  There many good presentation graphics packages
  57.     and spreadsheets available which can comma delimited ASCII files
  58.     exported from Arcus.  If you still wish to print a graphics screen
  59.     then you may press [p] in order to dump a displayed graph to an
  60.     Epson FX or Hewlett Pakard Laserjet compatible printer.
  61.  
  62.     The Pictorial Statistics - Frequency Distribution Histograms,
  63.     Box and Whisker plots, Scattergrams and Normal Plots - use the
  64.     standard ASCII character set so that you can print them using
  65.     any standard printer by pressing the print screen key.
  66.  
  67.     Support for many different monitors has been built into Arcus
  68.     but I can not guarantee that every possible hardware
  69.     configuration will display all Arcus screens perfectly.  If you
  70.     find any problems please report them by writing to the address
  71.     found under the registration section of this document.  All
  72.     reports will be acted upon and replied to without delay. 
  73.  
  74.     Arcus can use any data which is stored as columns of numbers in
  75.     ASCII files generated by databases, word processors or
  76.     spreadsheets.  For further details please consult the help
  77.     section in the ASCII file importer.  This may be found under the
  78.     `File and Data Manipulation Menu'.  Data may also be imported
  79.     from Lotus compatible WKS or WK1 files and the consistency of
  80.     gaps as missing data in these files is maintined.
  81.  
  82.  
  83.  
  84.     FILE ORIENTATED FUNCTIONS
  85.     ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  86.  
  87.     Arcus can work with files of variables which contain information
  88.     as data points.  For example the file called test (supplied) has
  89.     two variables, SMD(mcg/ml) and Absorbance, and each of these
  90.     contains six data points corresponding to matched results for a
  91.     standard curve from a colorimetric assay.
  92.  
  93.     Worked Example:- A standard curve.
  94.     ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  95.     Go to `File Orientated Functions' from the main menu.
  96.  
  97.     Go to `File & Data Manipulation' and select the spreadsheet.
  98.  
  99.     Enter drug concentration and absorbance values in two columns.
  100.  
  101.     Name the two columns / variables using [F3].
  102.  
  103.     Exit the spreadsheet using [Esc].
  104.  
  105.     Save your data on disk if you wish to.
  106.  
  107.     Return to the `File orientated Functions Menu' then select
  108.     Regression and Correlation.
  109.  
  110.     Select Linear Regression.
  111.  
  112.     Enter the number corresponding to each of your defined variables
  113.     (drug conc. as independent (abscissa) and absorbance as dependent
  114.     (ordinate).
  115.  
  116.     You can then interpolate x(drug concentration) values for any
  117.     number of y(absorbance) values which you enter, or vice versa.
  118.  
  119.  
  120.     OVERVIEW (not all functions listed)
  121.  
  122.     Arithmetical.....Transformation of one variable
  123.                   ...New variable created as a function of two others
  124.  
  125.     Basic Statistics.....Descriptive statistics on x variables
  126.  
  127.     Pictorial Statistics.....Frequency Distribution Histogram      
  128.                           ...Box and Whisker Plot
  129.                           ...Scattergram and Normal Plot
  130.  
  131.     Parametric Methods.....Student's t two sample unpaired and paired
  132.                         ...Student's t single sample
  133.                         ...Z (normal distribution) tests
  134.                         ...F (variance ratio) test
  135.                         ...Shapiro-Wilk test of normality
  136.  
  137.     Nonparametric Methods.....Mann-Whitney (Wilcoxon rank sum)     
  138.                            ...Wilcoxon signed rank
  139.                            ...Spearman's rank correlation
  140.                            ...Kendall's rank correlation
  141.                ...Save ranks, sorted data and normal scores
  142.  
  143.     Regression & Correlation.....Linear and Pearson's correlation  
  144.                               ...Polynomial 
  145.                               ...Multiple Linear
  146.                   ...Exponential, Geometric and Hyperbolic
  147.  
  148.     Analysis of Variance.....One way with Scheffé, Newman-Keuls and t tests
  149.               ...Kruskall-Wallace with multiple comparisons
  150.               ...Two way randomised block design +/- replicates
  151.  
  152.  
  153.     INSTANT FUNCTIONS
  154.     ~~~~~~~~~~~~~~~~~
  155.  
  156.     These do not require data to have been prepared in columnar
  157.     format.
  158.  
  159.     Distributions....Normal (+ inverse)
  160.                    ..Chi squared (+ inverse)
  161.                    ..Student's t (+ inverse)
  162.                    ..Snedecor's F (+ inverse)
  163.                    ..Studentized Range Q (+ inverse)
  164.                    ..Binomial
  165.                    ..Poisson
  166.                    ..Spearman's Rho
  167.                    ..Kendall's Tau (Hotelling Pabst)
  168.                    ..Mann-Whitney U
  169.                    ..Wilcoxon signed rank
  170.  
  171.     Chi squared...2 by 2 with logit and Cornfield C.I.
  172.                 ..2 by k +/- trend
  173.                 ..r by c +/- trend
  174.                 ..McNemar's and exact alternative
  175.                 ..Mantel-Haensetzel
  176.                 ..Woolf
  177.  
  178.     Exact...Fisher's
  179.           ..Exact C.I. for 2 by 2 odds
  180.  
  181.     Sign test with exact C.I.
  182.  
  183.     Proportions...Single
  184.                 ..Unpaired
  185.                 ..Paired
  186.  
  187.     Sample size...Population survey
  188.                 ..Unpaired case-control
  189.                 ..Paired case-control
  190.  
  191.     Randomization
  192.  
  193.     Clinical / Epidemiological..Bayesian..Basic
  194.                     ..False result probabilities
  195.                               ..SMR's
  196.                               ..Life tables
  197.  
  198.     nb. Throughout Arcus confidence intervals are given wherever
  199.     possible
  200.  
  201.  
  202.  
  203.     THE SPREADSHEET
  204.     ~~~~~~~~~~~~~~~
  205.  
  206.     A spreadsheet is the most effective data editor for columns of
  207.     numbers thus one has been developed as part of the file
  208.     orientated functions.  The size of the Arcus spreadsheet will
  209.     adjust to the data capacity which you have selected the default
  210.     is 30 by as may rows as can be accommodated by available free
  211.     memory.
  212.  
  213.  
  214.     Key assignment of the spreadsheet
  215.     ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  216.     [F1]............help
  217.  
  218.     [F2]............insert a cell
  219.  
  220.     [Shift] + [F2]..delete a cell
  221.  
  222.     [F3]............name the column being worked upon
  223.  
  224.     [F4]............delete a variable
  225.  
  226.     [Esc]...........return to file & data manipulation menu
  227.  
  228.     [Home]..........move to row 1 column 1
  229.  
  230.     [End]...........move to last number entered in current column
  231.  
  232.     [Page Up].......move up a screen
  233.  
  234.     [Page Down].....move down a screen
  235.  
  236.     [space bar].....enter a missing data value
  237.  
  238.  
  239.  
  240.     BENEFITS OF REGISTRATION
  241.     ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  242.  
  243.     You may evaluate this shareware edition of Arcus Professional for
  244.     30 days.  After this time you should register.  Registration is
  245.     not expensive and you will gain many benefits:-
  246.  
  247.     Upon registration you will be sent the latest edition of Arcus
  248.     Professional together with a user's manual.  Then, as a
  249.     registered user you will receive information about any
  250.     developments in the Arcus project and future upgrades will be
  251.     offered to you at a reduced price.  Existing users have already 
  252.     had a major influence in steering the development of Arcus and
  253.     as a registered user your suggestions will be given priority.
  254.  
  255.  
  256.     Registration fee is 79 pounds sterling
  257.     A ten user departmental licence is 249 pounds sterling
  258.     Larger site licences and introductory talks can be arranged
  259.  
  260.     25% OF ALL PROFITS ARE GIVEN TO CHARITY - currently Help The Aged
  261.  
  262.     The following two pages contain an invoice and the author's
  263.     address.
  264.  
  265.     Arcus is a sound investment, this product is to be supported
  266.     indefinitely.
  267.  
  268.  
  269.  
  270.  
  271.                                INVOICE (page 1 of 2)             
  272.     Remit to:                                                   From:
  273.  
  274.  
  275.     Iain E. Buchan
  276.     Medical Computing
  277.     Pine Crest
  278.     Turnpike Road
  279.     Aughton
  280.     West Lancs.
  281.     L39 3LD
  282.     England
  283.  
  284.                                          Contact name and occupation:
  285.  
  286.  
  287.  
  288.     Qty                                     Unit Price         Total
  289.  
  290.     ___ Arcus Professional (1 user)              79.00         _____
  291.     ___ Upgrade to Arcus Professional (1 user)   19.00         _____
  292.     ___ Departmental Licence (10 users)         249.00         _____
  293.     ___ Departmental Upgrade (10 users)          89.00         _____
  294.                                                          Total _____
  295.     
  296.  
  297.  
  298.     (Prices are in pounds sterling)
  299.  
  300.                               INVOICE (page 2 of 2)
  301.  
  302.  
  303.     I require 5 1/4 inch ____ 3 1/2 inch ____ disks. (tick one)
  304.  
  305.  
  306.     I require the special version of Arcus professional which uses
  307.     the extra capabilities of 286, 386 and 486 processors to run
  308.     faster but I acknowledge that this (Arcus Pro-286) will not run
  309.     on anything less than a 286 DOS computer ____. (tick if
  310.     appropriate)
  311.  
  312.  
  313.     A shareware version of Arcus has been accepted by the customer.
  314.     Upon receipt of this paid invoice, a full latest version of
  315.     Arcus Professional on the specified disk type and a printed
  316.     manual will be sent.
  317.  
  318.  
  319.  
  320.     ---------------------------------------------------------------
  321.     Ordering from outside the UK:  Please send all cheques and
  322.     remittances in pounds sterling, payable to Iain Buchan.
  323.  
  324.     If you have any questions please ring (UK) 0695 424 034
  325.  
  326.